Bioinformatik och systembiologiska metoder, 7,5 högskolepoäng

Bioinformatics and System Biology Methods, 7,5 Credits

Mål

Mål för utbildning på grundnivå

Utbildning på grundnivå ska utveckla studenternas

• förmåga att göra självständiga och kritiska bedömningar,
• förmåga att självständigt urskilja, formulera och lösa problem, och
• beredskap att möta förändringar i arbetslivet.

Inom det område som utbildningen avser ska studenterna, utöver kunskaper och färdigheter, utveckla förmåga att

• söka och värdera kunskap på vetenskaplig nivå,
• följa kunskapsutvecklingen, och
• utbyta kunskaper även med personer utan specialkunskaper inom området.

(1 kap. 8 § högskolelagen)

Kursens mål

Kunskap och förståelse
Den studerande ska efter avslutad kurs

• ha kunskap om olika OMICs plattformar,
• ha kunskap om bioinformatiska verktyg, system och databaser,
• ha kunskap om biomarkör screening baserad på molekylära profiler,
• förstå problem som uppstår vid multipel testning vid arbete med "high-throughput screening" metoder, och
• förstå validering av kandidater till biomarkörer.

Färdighet och förmåga
Den studerande ska efter avslutad kurs kunna

• genomföra grundläggande programmering av biomarkör screening analys med hjälp av programmet R,
• använda molekylära databaser,
• framställa reproducerbara rapporter om statistiska bioinformatiska analyser,
• presentera erhållna resultat i form av skriftlig rapport, och
• kritiskt granska och diskutera relevanta resultat relaterade till vetenskapliga studier inom området.

Värderingsförmåga och förhållningssätt
Den studerande ska efter avslutad kurs kunna

• diskutera etiska frågor rörande användning av molekylära och genetiska markörer i biologi.

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen behandlar olika tekniker för att analysera molekylära OMICs profiler (transkriptomik - microarray, NGS; metabolomik - GC-MS; proteomik - MS-och antikroppsmedierade tekniker). Kursen innehåller programmering (R, programmering statistiska analyser) för att tillämpas med olika metoder (endimensionella och multivariata) för biomarköranalys. Resultaten kommer att analyseras med hjälp av information från olika molekylärbiologiska databaser. Flera statistiska begrepp liksom statistisk testning, multipel testning samt andra koncept av statistisk analys kommer att presenteras.

Studieformer

Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, seminarier och praktiska övningar.

Den som antagits till och registrerats på en kurs har rätt att erhålla undervisning och/eller handledning under den tid som angavs för kurstillfället som den sökande blivit antagen till (se universitetets antagningsordning). Därefter upphör rätten till undervisning och/eller handledning.

Examinationsformer

Teori, del 1 av 2, 2,5 högskolepoäng (Provkod: A001)
Individuell muntlig tentamen

Teori, del 2 av 2, 2,5 högskolepoäng (Provkod: A002)
Individuell skriftlig rapport

Laborationer och uppgifter, 2,5 högskolepoäng (Provkod: A003)
Deltagande i seminarium och laborationer. Individuella inlämningsuppgifter, muntliga presentationer.

För studenter med dokumenterad funktionsnedsättning kan universitetet besluta om anpassning av examination eller annan examinationsform.

För ytterligare information se universitetets regler för examination inom utbildning på grundnivå och avancerad nivå.

Kommentar till examinationsformer

Frånvaro vid obligatoriskt utbildningsmoment
Vid frånvaro från obligatoriskt utbildningsmoment avgör examinator om momentet kan tas igen vid annat schemalagt undervisningstillfälle av samma slag. I annat fall hänvisas den studerande till nästa kurstillfälle. Undantagsvis kan examinator besluta om ersättningsuppgifter. Dessa ska i så fall genomföras före eller i nära anslutning till kursens slut.

Betyg

Enligt 6 kap. 18 § högskoleförordningen ska betyg sättas på en genomgången kurs om inte universitetet föreskriver något annat. Universitetet får föreskriva vilket betygssystem som ska användas. Betyget ska beslutas av en av universitetet särskilt utsedd lärare (examinator).

Enligt föreskrifter om betygssystem för utbildning på grundnivå och avancerad nivå (rektors beslut 2019-01-15, ORU 2019/00107) ska som betyg användas något av uttrycken underkänd, godkänd eller väl godkänd. Rektor eller den rektor bestämmer får besluta om undantag från denna bestämmelse för en viss kurs om det finns särskilda skäl.

Som betyg på kursen används Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl godkänd (VG).

Teori, del 1 av 2
Som betyg används Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl godkänd (VG).

Teori, del 2 av 2
Som betyg används Underkänd (U) eller Godkänd (G).

Laborationer och uppgifter
Som betyg används Underkänd (U) eller Godkänd (G).

För ytterligare information se universitetets regler för examination inom utbildning på grundnivå och avancerad nivå.

Särskild behörighet och andra villkor

Molekylärbiologi och genetik, 7,5 högskolepoäng.

För ytterligare information se universitetets antagningsordning.

Tillgodoräknande av tidigare utbildning

Student som tidigare genomgått utbildning eller fullgjort annan verksamhet ska enligt högskoleförordningen tillgodoräknas detta som en del av den aktuella utbildningen under förutsättning att den tidigare utbildningen eller verksamheten uppfyller vissa krav.

För ytterligare information se universitetets lokala regler för tillgodoräknanden.

Övriga föreskrifter

Undervisningsspråk: svenska och engelska.

Kurslitteratur och övriga läromedel

Obligatorisk litteratur

Obligatorisk litteratur tillhandahålls.

Tillägg och kommentarer till litteraturlistan

Litteratur och annat kopierat material tillkommer.