Bioinformatik och systembiologiska metoder, 7,5 högskolepoäng

Bioinformatics and System Biology Methods, 7,5 Credits

Mål

Mål för utbildning på grundnivå

Utbildning på grundnivå ska utveckla studenternas

• förmåga att göra självständiga och kritiska bedömningar,
• förmåga att självständigt urskilja, formulera och lösa problem, och
• beredskap att möta förändringar i arbetslivet.

Inom det område som utbildningen avser ska studenterna, utöver kunskaper och färdigheter, utveckla förmåga att

• söka och värdera kunskap på vetenskaplig nivå,
• följa kunskapsutvecklingen, och
• utbyta kunskaper även med personer utan specialkunskaper inom området.

(1 kap. 8 § högskolelagen)

Kursens mål

Kunskap och förståelse
Den studerande ska efter avslutad kurs kunna visa kunskap om

• olika OMICs plattformar,
• bioinformatiska verktyg, system och databaser,
• biomarkör screening baserad på molekylära profiler,
• problem som uppstår vid multipel testning vid arbete med "high-throughput screening" metoder,
• validering av kandidater till biomarkörer, och
• grundläggande systembiologi.

Färdighet och förmåga
Den studerande ska efter avslutad kurs kunna

• genomföra grundläggande programmering av screening/analys av biomarkörer med hjälp av programmet R,
• använda molekylära databaser,
• framställa reproducerbara rapporter om statistiska bioinformatiska analyser,
• presentera erhållna resultat i form av skriftlig rapport, och
• kritiskt granska och diskutera relevanta resultat relaterade till vetenskapliga studier inom området.

Värderingsförmåga och förhållningssätt
Den studerande ska efter avslutad kurs kunna

• ha en förståelse om etiska frågor rörande användning av molekylära och genetiska markörer i biologi.

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen behandlar olika metoder för analys av molekylära OMICs profiler (transkriptomik/microarray, next-generation sequencing (NGS), metabolomik, gaskromatografi-masspektrometri (GC-MS), proteomik, MS- och antikroppsmedierade tekniker). Kursen innehåller programmering (programmering med R och statistiska analyser) för olika tillämpningar (endimensionella och multivariata) för biomarköranalys. Resultaten analyseras med hjälp av information från olika molekylärbiologiska databaser. Flera statistiska begrepp, som statistisk testning, multipel testning samt andra koncept inom statistisk analys, och systembiologiska principer presenteras. Utöver detta kommer systembiologiska principer och grundläggande metoder att presenteras.

Studieformer

Undervisningen bedrivs i form av föreläsningar, seminarier och praktiska övningar.

Den som antagits till och registrerats på en kurs har rätt att erhålla undervisning och/eller handledning under den tid som angavs för kurstillfället som den sökande blivit antagen till (se universitetets antagningsordning). Därefter upphör rätten till undervisning och/eller handledning.

Examinationsformer

Teori, del 1 av 2, 3 högskolepoäng (Provkod: A001)
Salstentamen.

Teori, del 2 av 2, 2,5 högskolepoäng (Provkod: A002)
Individuell skriftlig rapport.

Seminarium och uppgifter, 2 högskolepoäng (Provkod: A003)
Deltagande i seminarium och laborationer. Individuella muntliga presentationer.

För studenter med dokumenterad funktionsnedsättning kan universitetet besluta om anpassning av examination eller annan examinationsform.

För ytterligare information se universitetets regler för examination inom utbildning på grundnivå och avancerad nivå.

Kommentar till examinationsformer

Vid frånvaro från obligatoriskt utbildningsmoment avgör examinator om momentet kan tas igen vid annat schemalagt undervisningstillfälle av samma slag. I annat fall hänvisas den studerande till nästa kurstillfälle. Undantagsvis kan examinator besluta om ersättningsuppgifter. Dessa ska i så fall genomföras före eller i nära anslutning till kursens slut.

Betyg

Enligt 6 kap. 18 § högskoleförordningen ska betyg sättas på en genomgången kurs om inte universitetet föreskriver något annat. Universitetet får föreskriva vilket betygssystem som ska användas. Betyget ska beslutas av en av universitetet särskilt utsedd lärare (examinator).

Enligt universitetets föreskrifter om betygssystem för utbildning på grundnivå och avancerad nivå (beslut ORU 2018/00929) ska något av uttrycken underkänd, godkänd eller väl godkänd användas som betyg. För utbildning som ingår i en internationell magister- eller masterutbildning eller i universitetets kursutbud för utbytesstudenter ska betygsskalan A-F användas. Rektor, eller den rektorn bestämmer, får besluta om undantag från denna bestämmelse för en viss kurs om det finns särskilda skäl.

Som betyg på kursen används Underkänd (F), Tillräcklig (E), Tillfredsställande (D), Bra (C), Mycket bra (B) eller Utmärkt (A).

Teori, del 1 av 2
Som betyg används Underkänd (F), Tillräcklig (E), Tillfredsställande (D), Bra (C), Mycket bra (B) eller Utmärkt (A).

Teori, del 2 av 2
Som betyg används Underkänd (U) eller Godkänd (G).

Seminarium och uppgifter
Som betyg används Underkänd (U) eller Godkänd (G).

För ytterligare information se universitetets regler för examination inom utbildning på grundnivå och avancerad nivå.

Särskild behörighet och andra villkor

Molekylärbiologi och genetik, 7,5 hp.

För ytterligare information se universitetets antagningsordning.

Tillgodoräknande av tidigare utbildning

Student som tidigare genomgått utbildning eller fullgjort annan verksamhet ska enligt högskoleförordningen tillgodoräknas detta som en del av den aktuella utbildningen under förutsättning att den tidigare utbildningen eller verksamheten uppfyller vissa krav.

För ytterligare information se universitetets lokala regler för tillgodoräknanden.

Övriga föreskrifter

Undervisningsspråk: svenska och engelska. Kursen ges på engelska om det finns utbytesstudenter registrerade.

Kurslitteratur och övriga läromedel

Obligatorisk litteratur

Obligatorisk litteratur tillhandahålls.

Tillägg och kommentarer till litteraturlistan
Litteratur och annat kopierat material tillkommer.